A film nyitójelenetében, Thomas felébred egy álomból, melyben az anyja átadja őt a VESZETT-nek, majd Ava Paige és néhány katona átszállítja máshová. A film ott folytatódik, ahol az előző abbamaradt. Titokzatos megmentőik egy épületbe viszik őket. A helyet egy Janson nevű férfi vezeti. Elmagyarázza nekik, hogy a létesítmény egy biztonságos menedék számukra, amely megvédi őket a fertőző vírustól és a hajtóvadászoktól. Biztosítanak számukra ruhákat, élelmiszert és higiéniai ellátást is, ám több útvesztős túlélő is tartózkodik az épületben. Minden nap elvisznek néhány embert egy helyre ahonnan nem jönnek vissza. Aris, a létesítmény legrégebbi tagja, valamint az első labirintus túlélője, Thomassal együtt felderíti, hogy a VESZETT vezetője, Ava Paige még mindig életben van, és Janson is neki dolgozik. Ők ketten a kísérletekről beszélgetnek; a férfi elmondja, hogy nem találta még meg a jobb kart, a hegyekben megbúvó ellenszegülőket. A csapat (köztük Aris is) megszökik az épületből, majd elhatározzák, hogy megkeresik a jobb kart bármi áron is.